提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
海外华人、投资者:中国优化疫情防控措施和出入境政策为世界经济带来希望******
近日,中国对疫情应对政策做出了重大调整,即自2023年1月8日起取消对国际入境的大部分限制,这让海外华人感到十分兴奋。
王南希最后一次回到中国是在2019年春天,当时她还是迈阿密大学的一名学生。两年后,她毕业了,目前在纽约工作。
“回国不用再隔离了!”王南希说,她已经快四年没回过中国了。听到这个喜讯之后,她做的第一件事就是搜索回国的航班。
“大家都非常高兴,”王南希告诉《中国日报》,“之前,你必须花很长时间,才能结束隔离状态回到中国。但现在疫情的限制解除了,大家都希望明年至少能回国一次。”
“听到这个消息,我的丈夫和朋友都喜出望外。太好啦!我们可以回去啦!我们非常高兴能回中国见父母。”纽约居民郑怡玲在接受《中国日报》采访时表示。
其实,她今年刚生了孩子,本打算年底回国。但随着中国放松了对出入境的限制,郑怡玲的母亲几天前就来到了美国帮助她和她的孩子。
全美浙江总商会会长林光表示,在美的中国商界也“渴望回归”。
“对我们很多人来说,我们国内的手机号、微信支付等等都在过去三年中失效或需要验证。许多国内的商业交易也需要中国的银行账户,所有这些都需要我们回国处理,”林光在接受《中国日报》采访时表示。“总的来说,这是个好消息。如果可能的话,我们很快就会回去。”
林光说,美国的一些进口商过去常常去中国工厂下订单。现在这些人很快就会再回到中国。
中国的决定也给奢侈品牌带来了好处,全球投资者希望在2023年前景黯淡的情况下,这项决定可以支持全球经济、畅通供应链。
摩根士丹利今年8月发布的一份分析报告称,美国和欧洲投资者都将从中国的转变中获益。随着中国消费者增加可自由支配支出,包括品牌服装和鞋类、科技、交通和零售食品在内的行业都将受益。分析人士还表示,在许多国家提高利率以抑制通胀之际,放宽对国际游客入境的限制同样会提振中国经济和全球商业。
松树桥投资管理公司(PineBridge Investments)的投资组合经理雷德哈(Hani Redha)告诉《华尔街日报》:“中国现在是市场的前沿和中心。如果没有这一点,我们都很清楚,世界将面临相当广泛的全球经济衰退。”
美国银行的一项调查表明,“全球经济衰退预期的放缓,很可能是因为看到了中国经济的良好前景”。
高盛分析师认为,中国政策转变的总体效果将对中国经济产生积极影响。中国放宽国内人员流动和入境旅游的措施也支撑了该公司对2023年中国GDP增长超过5%的预期。(中国日报网)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)